Dixon en pole, Castroneves dans le mur
Mario Moraes semblait proche de sa première pole mais Scott Dixon a été plus rapide sur ses quatre tours de qualifications en fin de séance. Le champion en titre sera donc en pole devant Moraes.
Dario Franchitti sera troisième sur la grille devant Ryan Briscoe, le leader du championnat. Graham Rahal a pris la cinquième place devant Danica Patrick, Oriol Servia, Dan Wheldon et Justin Wilson
Helio Castroneves restait sur trois poles à Motegi, dont deux obtenues grâce à la pluie, mais il a eu un accident durant la séance. Hideki Mutoh a également percuté le mur. Ils seront tous les deux en fond de grille.
Tony Kanaan avait réalisé le 14ème temps mais il a été pénalisé pour avoir roulé avec une voiture non-conforme. Il débutera donc la course depuis la dernière place.